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はじめに：ここではコアルールを解説する。既にRPGに慣れている人を除き、コアルールはそれだけ読んでも何が何だかわからない場合が多いので、そのような時は、後ほど公開されるサンプルシナリオのプレイ例と合わせて読むのがいいだろう。

２−１：ゲームの進行

ゲームは以下のサイクルの繰り返しで進行する。

「ダンゴウ」→「シナリオ」→「余暇」→「ダンゴウ」→「シナリオ」→「余暇」→「ダンゴウ」……

このセクションで解説するのは「シナリオ」部分の進め方であり、ゲームのメインでもある。「ダンゴウ」ではラオモト・カンや上位のニンジャより指令が下され、これから挑むシナリオのブリーフィングが行われる。「余暇」は「シナリオ」で稼いだ【万札】を費やし、アジトを拠点としてPCを強化したり傷を癒したりする。

また、「シナリオ」は以下のサイクルの繰り返しで進行する。イベントの発生は随時起こる。「非戦闘時」と「戦闘時」はターン制で進行し、各人の手番を繰り返す。ターン内の手番は「イニシアチブ」順に処理される。

「非戦闘時」→「イベント発生」→「戦闘時」→「非戦闘時」→「イベント発生」→「戦闘時」……

手番では、自分のニンジャを移動させたり、殺人カラテパンチを繰り出したり、スリケンを投げさせたりできる。これらの行動が成功か失敗かをダイスで決めるのが判定である。またそれぞれの判定には、内容に応じて難易度（出目の目標値）が決まっている。

難易度と必要な出目
　　　　ULTRA-HARD　：出目６
　　　　HARD　　　　  ：出目５以上
　　　　NORMAL　　　：出目４以上　※判定の大半はこれ
　　　　EASY　　　　　：出目３以上
　　　　KIDS　　　　　 ：出目２以上

「難易度＋１」「難易度ー１」などと書かれていた場合、上の早見表を見て、それぞれ上（＋の場合）や下（ーの場合）に目標値を変更すること。どれだけ大きな修正がかかっても、最大の難易度はULTRA-HARDであり、出目７を要するような判定にはならない。同様に、判定の目標値が出目２以上より低くなることもない。

判定時には、対応する能力値に等しい個数のD６を握り、それを振る。出目が大きければ大きいほど良く、振ったD６の中に１個でも難易度以上の出目があれば、その判定は成功となる（出目を合計するわけではないので注意）。