ナスカ地域の崩壊によってタキやコトブキと離れ離れになったニンジャスレイヤーは、やがてアラスカの地に流れ着く。アラスカの港町シトカはエメツ鉱石の産業によって繁栄し、ヤクザニンジャ組織「過冬」のシンウインターによって支配されていた。

シーズン２本編、全10話

第１話【コールド・ワールド】

ニンジャスレイヤーが流れ着いたこの地は、アラスカ。銀の浜辺にただ一人打ち上げられた彼を迎えたのは、神秘的な庵に暮らす灰色の隠者と、奇妙な力を持った娘、ゾーイ。ニンジャスレイヤーの新たな戦いの火蓋が切られる。

第２話【ライフ・アフター・デス】

凍りついたシトカに今、何かが起ころうとしていた。赤黒の火が入り込み、過冬に攻撃を仕掛けたのだ！　シンウインターは己をコケにした相手を許しはしない。ニンジャスレイヤーの前に現れたのはネオサイタマ出身のニンジャ、スーサイド！

第３話【ベイン・オブ・カトー】

シトカの闇は赤黒く燃えていた！　ニンジャスレイヤーは過冬のニンジャを手当たり次第に狩る！　シンウインターを引きずり出す為に！　そして暗躍を開始するソウカイ・シンジケート！

第４話【ポッシブル・ドミネイション】

紆余曲折を経てコトブキと再会し、タキのハッキング技術の助けを得たニンジャスレイヤーであったが、過冬のネット・セキュリティは強力なニンジャによって守られていた。タキのニューロンを襲った致死ウイルス、それは「スケベドミネイター」！　タキを救うには過冬の電子拠点を直接叩く他はない！

第５話【ハート・オブ・ダウントロッデン・ソウルズ】

今やシンウインターはニンジャスレイヤーの抹殺を、懐刀である精鋭集団「ワイズマン」に直接命じていた。ハッカー・ドージョーに弾丸めいて向かってきたのはザルニーツァとスノーマン。ニンジャスレイヤーがニンジャを迎え撃つ一方、コトブキはゾーイを連れてスーサイドの助けを求める。逃避行は二人をやがて「海のほとり孤児院」へ導く。明らかになる真実の一端……更なる襲撃、そして……「ドーモ。サツバツナイトです」！

第６話【カウンシル・フジミ】

フジミ・ストリートのバー＜筋＞に集まる反過冬の者達。ニンジャスレイヤーとサツバツナイトの会話はぎこちなく、どこかよそよそしいアトモスフィアのもとで会議は進む。そこに現れた招かれざる客は、クローザー、そして……！

第７話【ベリアル・アンダーカバー】

ソウカイ・シンジケートと過冬の抗争が激化を極めるなか、「俺」は戦闘の痕跡を辿り、とある人物の過去を探る。やがてそこに待ち受けるものとは。「俺」の目的とは！？

第８話【ドラゴン・インストラクション】

インストラクション・ワン、フーリンカザン、そして……ニンジャソウルを御するとは何なのか！　ワイズマンとの熾烈を極めるイクサを通して、マスラダのみならずフジキドもまた成長しなければならない！

第９話【フリージング・フジサン】

港を埋め尽くす大漁旗。オールドストーンの帰還。港湾ビルの攻略に出るソウカイ・シンジケート。シトカのイクサがその極点に向かおうとする中、シンウインターは遂に目的を果たす……！

第10話【アルター・オブ・マッポーカリプス】

既にシトカの空に超自然のオーロラはなかった。しかし、空を見上げたものは、それ以上に恐るべきものを見……正気を失った。

【エピローグ】

シーズン３に向けたプレ・エピソード

【ア・デッカーガン・イズ・マイ・パスポート】

情報屋タキのもとに訪れたノボセ・ムギコはネオサイタマ最大のシェリフ組織「キモン」のデッカーであった。ニンジャスレイヤーの力を借りたいというムギコであったが、現在彼の行方は知れない……。

【ギア・ウィッチクラフト】（連載中）

シュヴァルツヴァルト（黒い森）に入り込んだ冒険魔術師コルヴェットは、カタナ社のトルーパーと遺跡の悪霊の戦闘を目撃する。

各勢力別ニンジャ名鑑や組織名鑑
　◇名鑑：ニンジャスレイヤーとその協力者たち
　◇名鑑：ソウカイ・シンジケート
　◇名鑑：ザイバツ・シャドーギルド
　◇名鑑：サワタリ・カンパニー
　◇組織名鑑：暗黒メガコーポ群とその同盟関係
　◆組織名鑑：過冬

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