その瞬間、タキの受難は始まった。「オレが拾ったのは、死神だったんだ」……新たなニンジャスレイヤー＝マスラダ・カイの暗黒の旅路が今、幕を開ける！

ニンジャスレイヤーが仇と狙う「サツガイ」は、ニンジャのもとを訪れ、その者に新たな力を授ける。ゆえにニンジャスレイヤーはサツガイと接触したニンジャを襲い、痕跡を暴く！　

サツガイ接触者のネットワーク「サンズ・オブ・ケオス」の尻尾を掴んだニンジャスレイヤーは、狂ったサツガイ崇拝者と遭遇する。そして自我を持つ美しいオイランドロイド「コトブキ」が登場！

ボロブドゥール、ヨグヤカルタ。邪悪なる君主シャン・ロアが支配する夜の国を訪れたニンジャスレイヤー。彼の行く手に現れた黒橙のニンジャ「サツバツナイト」とは何者か？

サツバツナイト＝フジキド・ケンジは何故ヨグヤカルタに？　その理由は岡山県のドラゴン・ドージョーを襲い、神器を奪い去ったリアルニンジャ達にある！　ドージョーを破られれば破り返すまで。サツバツナイトはボロブドゥールの王に挑む！

ピザタキ。ニンジャスレイヤーが隠れ潜む、情報屋タキの根城……表向きは冷凍ピザをセルフで焼いて食べるピザ・バーだ。注意深い行動によって、ニンジャスレイヤーとピザタキの関係はこれまで悟られずにいた。……あの男、「アモクウェイブ」が嗅ぎつけるまでは。アモクウェイブはサツガイ接触者であり、恐るべき追跡者であり、サイコパス殺人鬼！　ニンジャスレイヤー不在のピザタキを、かつてない危機が襲う！　タキは、コトブキは、生き残る事ができるか！？

自我を得たオイランドロイドはウキヨと呼ばれ、ある者は人間社会に溶け込み、ある者は人里離れた地に共同体を築く。その存在をTV番組で知ったコトブキは、仲間に会う為にネオサイタマを飛び出す。彼女を待ち受ける過酷な運命とは！？

目くるめく四次元魔術都市デジ・プラーグ。迷宮都市の只中で出会ったのは思いがけぬ協力者、伊達男コルヴェット！　魔術ニンジャの抗争とサツガイ接触者の陰謀を巡る戦いは、やがてナラク・ニンジャを狙う戦士たちの侵攻に帰結する！

『エー、次は、イナマミ。イナマミ駅です。車両連結トラブルがありましたので、現在、８両で運行しておりますが、皆さんは時間通りです。原因は調査中です』「押すな！」「ヤメロ！」「遅れますよ！」通勤ラッシュ満員電車に押し寄せるサラリマンの群れ！　足を地につける事すら困難な忍耐装置の中で繰り広げられる極限戦闘！（何故おれはこんな場所にいる）……それでもニンジャスレイヤーは敵を追う！

満員電車の全員死亡をかろうじて妨げ、それゆえに力尽きたニンジャスレイヤーを川から引きずり上げたのはソウカイ・シックスゲイツの戦士、ガーランドであった。ニンジャスレイヤーを追い続けた彼に監禁されたマスラダは、恐怖のスシ・トーチャリングを受ける！

次なる標的はデシケイター……企業買収を繰り返し、薬価を引き揚げて売り抜ける経済型邪悪ニンジャにして、無敵のミナヅキ・ドローン・ジツの使い手！　正攻法で彼を倒すのは困難を極める。オーエルに変装して潜入したコトブキ、思いがけぬ協力者と共にソーシャル・ハッキングを試みるタキ、そして彼らが穿った必死の亀裂をカラテでこじ開けるのがニンジャスレイヤーだ！

空中要塞オムラ・エンパイアから、ナスカの遺跡へ！　三度目のサツガイ接触を狙うブラスハートに立ち向かうニンジャスレイヤー！　そして黒いトリイと荒野の光景は現出し、ハッポースリケンは飛ぶ。サツガイとはなにか。シーズン１最終話！

邪悪なニンジャ「ジェイドマムシ」のもとにニンジャスレイヤーが現れる。

港町シトカ。スーサイドはヤクザ組織のトラブルへの対処を迫られる。

かつてネオサイタマで共に生きた「サークル・シマナガシ」のニンジャが再び集結する。

アマゾン川流域を彷徨うコトブキは、謎めいたバイオニンジャ集団「サワタリ・カンパニー」と遭遇する。

第1シーズン用ニンジャ名鑑
　◇山　◇川

各勢力別ニンジャ名鑑や組織名鑑
　◇名鑑：ニンジャスレイヤーとその協力者たち
　◇名鑑：ソウカイ・シンジケート
　◇名鑑：ザイバツ・シャドーギルド
　◇名鑑：サワタリ・カンパニー
　◇組織名鑑：暗黒メガコーポ群とその同盟関係